MI (Madrasah Ibtidayah) Assakinah adalah salah satu unit dari Madrasah Assakinah yang berdiri pada tahun 2009. Madrasah Ibtidaiyah merupakan jenjang paling dasar pada Pendidikan formal di Indonesia yang setara dengan Sekolah Dasar, pengelolaannya dilakukan oleh Kementrian Agama. Santri MI Assakinah di didik dan diajarkan untuk menjadi abdun syakir yang shalih, afiat, kayis, ihsan dan amanah sesuai dengan konsep Madrasah Assakinah yaitu SATF (Shidiq Amanah Tabligh Fathonah).

    Sistem pembelajaran di MI Assakinah bertujuan untuk membentuk karakter/ akhlak yang baik dan dilakukan dengan perilaku positif dalam kehidupan sehari-hari sesuai dengan akhlak Rasul. Dengan sistem dan pembiasaan pembelajaran tersebut, harapan untuk santri MI Assakinah adalah santri mampu melaksanakan thaharoh, sholat dan dzikir dengan baik. Kemudian tadarus Quran, berbakti kepada orang tua, memuliakan guru, menghargai teman, peduli dengan lingkungan sekitar, mandiri dan terampil dalam komunikasi.